User Tools

Site Tools


faq.example

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revisionBoth sides next revision
faq.example [2012/05/29 17:30] shogofaq.example [2012/05/29 18:15] shogo
Line 2: Line 2:
 \\ \\
 ===== Models ===== ===== Models =====
-Sire model without A+**Sire model without A** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S)
  
-Sire model+EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +2 3 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Multiple (2) trait sire model+(CO)VARIANCES 
 +
 +</file> 
 +**Sire model with A** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +2 3 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_sire 
 +FILE 
 +sire.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +
 +</file> 
 +**Multiple (2) trait sire model** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +2 2 3 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_sire 
 +FILE 
 +sire.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +</file> 
 +**Animal model** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +5 10 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1  
 +</file> 
 +**Multiple trait animal model** 
 +<file> 
 +# Example 1: 2 trait animal model
  
-Animal model+DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +5 5 10 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +</file> 
 +<file> 
 +# Example 2: different model for each trait
  
-Multiple trait animal model+DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 2 cross 
 +5 5 10 cross 
 +6 7 30 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Donimance model+(CO)VARIANCES 
 +1 0 
 +0 1 
 +</file> 
 +<file> 
 +# This one works with Gibbs sampling programs
  
-Animal model with UPG+DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 0 2 cross 
 +0 2 2 cross 
 +5 5 10 cross 
 +6 0 30 cross 
 +0 7 20 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Animal model with inbreeding+(CO)VARIANCES 
 +1 0 
 +0 0 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Repeatability model 1+(CO)VARIANCES 
 +0 0 
 +1 
 +</file> 
 +OR 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 0 2 cross 
 +0 2 2 cross 
 +5 5 10 cross 
 +6 0 30 cross 
 +0 7 30 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +4 5 
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Repeatability model 2+(CO)VARIANCES 
 +1 0 0 0 
 +0 0 0 0 
 +0 0 0 0 
 +0 0 0 1
  
-Maternal effect model+# Can you see the difference between these 3 setups in Example 2? 
 +</file> 
 +**Donimance model** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +dom.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S)
  
-Random regression model+EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 cross 
 +4 1 cov 
 +2 30001 cross 
 +5 10412 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +100 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_an_upginb 
 +FILE 
 +add.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +par_dom 
 +FILE 
 +dom.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +
 +</file> 
 +**Animal model with UPG** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +5 5 13 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_an_upg 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +</file> 
 +**Animal model with inbreeding** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +5 5 13 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_an_upginb 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +</file> 
 +**Repeatability model 1** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +5 5 cross 
 +5 10 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Random regression model with heterogeneous residual variances+(CO)VARIANCES 
 +1  
 +</file> 
 +**Repeatability model 2** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +5 5 5 cross 
 +5 5 10 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE
  
-Competitive model +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +</file> 
 +**Maternal effect model** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +maternal.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 + 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +3 946 cross 
 +1 22473 cross 
 +2 22473 cross 
 +2 22473 cross 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +1050 
 +RANDOM_GROUP 
 +2 3 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +maternal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +450 -100 
 +-100 340 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +370 
 +</file> 
 +**Random regression model** 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat1 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +6 6 1 cov 
 +7 7 1 cov 
 +2 2 5 cross 
 +6 6 5 cov 2 2 
 +7 7 5 cov 2 2 
 +2 2 10 cross 
 +6 6 10 cov 2 2 
 +7 7 10 cov 2 2 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +4 5 6 
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +7 8 9 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 1 
 +</file> 
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +test.dat2 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +10 
 +OBSERVATION(S) 
 +3 4 
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 1 2 cross 
 +6 6 1 cov 
 +7 7 1 cov 
 +8 8 1 cov 
 +6 6 5 cov 2 2 
 +7 7 5 cov 2 2 
 +8 8 5 cov 2 2 
 +6 6 10 cov 2 2 
 +7 7 10 cov 2 2 
 +8 8 10 cov 2 2 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 1 
 +1 5 
 +RANDOM_GROUP 
 +5 6 7 
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +8 9 10 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 1 0.1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 1 0.1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 1 
 +</file> 
 +<file> 
 +test.dat1: example data set using Legendre polynomial 
 +1 1 21.10000 12.10000 11 -1.73205 2.23607 
 +2 2 22.20000 12.20000 12 -1.23718 .59324 
 +1 3 21.30000 12.30000 13 -.74231 -.50197 
 +2 1 22.10000 12.40000 14 -.24744 -1.04958 
 +1 2 21.20000 12.10000 15 .24744 -1.04958 
 +2 3 22.30000 12.20000 16 .74231 -.50197 
 +1 4 21.40000 12.30000 17 1.23718 .59324 
 +2 5 22.50000 12.40000 18 1.73205 2.23607 
 +</file> 
 +<file> 
 +test.dat2: example data set using linear spline 
 +1 1 21.100000 12.100000 11 1.000000 .000000 .000000 
 +2 2 22.200000 12.200000 12 .666667 .333333 .000000 
 +1 3 21.300000 12.300000 13 .333333 .666667 .000000 
 +2 1 22.100000 12.400000 14 .000000 1.000000 .000000 
 +1 2 21.200000 12.100000 15 .000000 .750000 .250000 
 +2 3 22.300000 12.200000 16 .000000 .500000 .500000 
 +1 4 21.400000 12.300000 17 .000000 .250000 .750000 
 +2 5 22.500000 12.400000 18 .000000 .000000 1.000000  
 +</file> 
 +**Random regression model with heterogeneous residual variances** 
 +<file> 
 +### using airemlf90 
 + 
 +# Example 1: with intercept 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +6 1 cov 
 +7 1 cov 
 +5 5 cross 
 +6 5 cov 5 
 +7 5 cov 5 
 +5 10 cross 
 +6 10 cov 5 
 +7 10 cov 5 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +4 5 6 
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +7 8 9 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 1 
 +OPTION hetres_pos 6 7 
 +OPTION hetres_pol 4.0 1.0 0.1 
 +</file> 
 +<file> 
 +### using airemlf90 
 + 
 +# Example 2: with no intercept 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +6 1 cov 
 +7 1 cov 
 +6 5 cov 5 
 +7 5 cov 5 
 +6 10 cov 5 
 +7 10 cov 5 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +4 5 
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +6 7 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 
 +0.1 1 
 +OPTION hetres_pos 6 7 
 +OPTION hetres_pol 1.0 0.1 
 +</file> 
 +<file> 
 +### using gibbs3f90 
 + 
 +DATAFILE 
 +test.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +
 +OBSERVATION(S) 
 +
 +WEIGHT(S) 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT [EFFECT NESTED] 
 +1 2 cross 
 +6 1 cov 
 +7 1 cov 
 +5 5 cross 
 +6 5 cov 5 
 +7 5 cov 5 
 +5 10 cross 
 +6 10 cov 5 
 +7 10 cov 5 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +10 
 +RANDOM_GROUP 
 +4 5 6 
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 1 
 +RANDOM_GROUP 
 +7 8 9 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +animal.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +1 0.1 0.1 
 +0.1 1 0.1 
 +0.1 0.1 1 
 +OPTION hetres_int 8 5  
 +</file> 
 +**Competitive model**  
 +<file> 
 +DATAFILE 
 +competition.dat 
 +NUMBER_OF_TRAITS 
 +
 +NUMBER_OF_EFFECTS 
 +19 
 +OBSERVATION(S) 
 +24 
 +WEIGHT(S) 
 + 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED] 
 +2 88 cross 
 +3 362 cross 
 +21 2409 cross 
 +4 8004 cross 
 +22 0 cov 5 
 +22 0 cov 6 
 +22 0 cov 7 
 +22 0 cov 8 
 +22 0 cov 9 
 +22 0 cov 10 
 +22 0 cov 11 
 +22 0 cov 12 
 +22 0 cov 13 
 +22 0 cov 14 
 +22 0 cov 15 
 +22 0 cov 16 
 +22 0 cov 17 
 +22 0 cov 18 
 +22 8004 cov 19 
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES 
 +1225.8 
 +RANDOM_GROUP 
 +4 5 
 +RANDOM_TYPE 
 +add_animal 
 +FILE 
 +renadd04.ped 
 +(CO)VARIANCES 
 +267.03 25.313 
 +25.313 104.44 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +89.187 
 +RANDOM_GROUP 
 +
 +RANDOM_TYPE 
 +diagonal 
 +FILE 
 + 
 +(CO)VARIANCES 
 +167.34 
 +</file>
  
faq.example.txt · Last modified: 2024/03/25 18:22 by 127.0.0.1

Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki