User Tools

Site Tools


faq.renum_example

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
Last revision Both sides next revision
faq.renum_example [2018/10/18 14:40]
shogo [Repeatability model 2]
faq.renum_example [2018/10/18 15:50]
shogo [Random regression model]
Line 173: Line 173:
 EFFECT EFFECT
 7 cross alpha 7 cross alpha
 +EFFECT
 +2 cov
 +EFFECT
 +3 cov
 +EFFECT
 +4 cov
 +EFFECT
 +5 cov
 EFFECT EFFECT
 6 cross alpha 6 cross alpha
 RANDOM RANDOM
 animal animal
 +OPTIONAL
 +pe
 FILE FILE
 rrm.ped rrm.ped
Line 186: Line 196:
 <​file>​ <​file>​
 rrm.dat rrm.dat
 + 1 -1.00000 1.00000 -1.00000 1.00000 ​ 1 1 1 11
 + 2 -0.77778 0.40741 -0.00960 -0.29249 ​ 2 1 1 12
 + 3 -0.55556 -0.03704 0.40466 -0.36565 ​ 3 1 1 13
 + 4 -0.33333 -0.33333 0.40741 0.01235 ​ 4 2 1 13
 + 5 -0.11111 -0.48148 0.16324 0.32937 ​ 5 2 1 12
 + 6 0.11111 -0.48148 -0.16324 0.32937 ​ 6 2 1 11
 + 7 0.33333 -0.33333 -0.40741 0.01235 ​ 7 3 1 12
 + 8 0.55556 -0.03704 -0.40466 -0.36565 ​ 8 3 1 13
 + 9 0.77778 0.40741 0.00960 -0.29249 ​ 9 3 1 14
 + 10 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ​ 10 3 1 15
 +:
 +:
 +:
 +:
 +:
 +:
 </​file>​ </​file>​
 <​file>​ <​file>​
 rrm.ped rrm.ped
 +1 0 0
 +2 0 0
 +3 0 0
 +4 0 0
 +5 1 0
 +6 1 4
 +7 2 0
 +8 2 4
 +9 2 0
 +10 3 5
 </​file>​ </​file>​
 +<​file>​
 +renf90.par
 +DATAFILE
 + ​renf90.dat
 +NUMBER_OF_TRAITS
 +           1
 +NUMBER_OF_EFFECTS
 +          13
 +OBSERVATION(S)
 +    1
 +WEIGHT(S)
 + 
 +EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
 + ​6 ​        3 cross 
 + 7 1 cov 
 + 8 1 cov 
 + 9 1 cov 
 + 10 1 cov 
 + ​2 ​        10 cov 11
 + ​3 ​        10 cov 11
 + ​4 ​        10 cov 11
 + ​5 ​        10 cov 11
 + ​2 ​        10 cov 11
 + ​3 ​        10 cov 11
 + ​4 ​        10 cov 11
 + ​5 ​        10 cov 11
 +RANDOM_RESIDUAL VALUES
 +       ​1.0000000
 + ​RANDOM_GROUP
 +     ​6 ​    ​7 ​    ​8 ​    9
 + ​RANDOM_TYPE
 + ​add_animal ​  
 + FILE
 +renadd06.ped ​                                               ​
 +(CO)VARIANCES
 +       ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000
 +       ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000
 + ​RANDOM_GROUP
 +    10    11    12    13
 + ​RANDOM_TYPE
 + ​diagonal ​    
 + FILE
 +                                                            ​
 +(CO)VARIANCES
 +       ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000
 +       ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000
 +</​file>​
 +
 ===== Maternal effect model ===== ===== Maternal effect model =====
 <​file>​ <​file>​
faq.renum_example.txt ยท Last modified: 2018/10/18 15:51 by shogo