User Tools

Site Tools


faq.renum_example

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
faq.renum_example [2018/10/18 14:42]
shogo [Random regression model]
faq.renum_example [2018/10/18 15:51]
shogo [Random regression model]
Line 159: Line 159:
 1 2  1 2 
 </​file>​ </​file>​
-===== Random regression model =====+===== Random regression model =====
 <​file>​ <​file>​
 DATAFILE DATAFILE
Line 173: Line 173:
 EFFECT EFFECT
 7 cross alpha 7 cross alpha
 +EFFECT
 +2 cov
 +EFFECT
 +3 cov
 +EFFECT
 +4 cov
 +EFFECT
 +5 cov
 EFFECT EFFECT
 6 cross alpha 6 cross alpha
 RANDOM RANDOM
 animal animal
 +OPTIONAL
 +pe
 FILE FILE
 rrm.ped rrm.ped
Line 196: Line 206:
  9 0.77778 0.40741 0.00960 -0.29249 ​ 9 3 1 14  9 0.77778 0.40741 0.00960 -0.29249 ​ 9 3 1 14
  10 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ​ 10 3 1 15  10 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ​ 10 3 1 15
 +:
 +:
 +:
 +:
 +:
 +:
 </​file>​ </​file>​
 <​file>​ <​file>​
Line 212: Line 228:
 <​file>​ <​file>​
 renf90.par renf90.par
-# BLUPF90 parameter file created by RENUMF90 
 DATAFILE DATAFILE
  ​renf90.dat  ​renf90.dat
Line 218: Line 233:
            1            1
 NUMBER_OF_EFFECTS NUMBER_OF_EFFECTS
-           5+          13
 OBSERVATION(S) OBSERVATION(S)
     1     1
Line 225: Line 240:
 EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED] EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
  ​6 ​        3 cross   ​6 ​        3 cross 
- ​2 ​        10 cov 7 + 7 1 cov  
- ​3 ​        10 cov 7 + 8 1 cov  
- ​4 ​        10 cov 7 + 9 1 cov  
- ​5 ​        10 cov 7+ 10 1 cov  
 + 2         10 cov 11 
 + ​3 ​        10 cov 11 
 + ​4 ​        10 cov 11 
 + ​5 ​        10 cov 11 
 + ​2 ​        10 cov 11 
 + ​3 ​        10 cov 11 
 + ​4 ​        10 cov 11 
 + ​5 ​        10 cov 11
 RANDOM_RESIDUAL VALUES RANDOM_RESIDUAL VALUES
        ​1.0000000        ​1.0000000
  ​RANDOM_GROUP  ​RANDOM_GROUP
-         ​    ​    ​5+         ​    ​    ​9
  ​RANDOM_TYPE  ​RANDOM_TYPE
  ​add_animal ​    ​add_animal ​  
  FILE  FILE
-renadd02.ped                                                ​+renadd06.ped                                                ​ 
 +(CO)VARIANCES 
 +       ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 
 +       ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000 
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000 
 + ​RANDOM_GROUP 
 +    10    11    12    13 
 + ​RANDOM_TYPE 
 + ​diagonal ​     
 + ​FILE 
 +                                                            ​
 (CO)VARIANCES (CO)VARIANCES
        ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000        ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000
faq.renum_example.txt · Last modified: 2018/10/18 15:51 by shogo