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readme.illumina2pregs

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readme.illumina2pregs [2019/09/27 00:17]
ignacio [Input files]
readme.illumina2pregs [2019/09/27 00:36]
ignacio [Input files]
Line 40: Line 40:
  
 ====Input files==== ====Input files====
-''​SNP_Map.txt''​ +''​SNP_Map.txt'' ​  
-   1 Index                                              + 
-   2 Name                                               +The following fields should be present in the SNP_Map.txt file,    
-   3 Chromosome ​                                        + 
-   4 Position ​                                          +Any order of columns is supported. ​  
-   5 GenTrain ​                                         ​ + 
-   6 Score                                              +Column positions will be assumed based on the keywords: ​                                         
-   7 SNP                                                +  * Name                                               
-   8 ILMN                                               +  ​* ​Chromosome ​                                        
-   9 Strand ​                                            +  ​* ​Position ​                                          
-  10 Customer ​                                          +Other fields will be ignored 
-  11 Strand ​                                           ​ + 
-  ​12 NormID+ 
 +''​FinalReport.txt'' ​ 
  
-''​FinalReport.txt''​. ​ 
 The following fields should be present in the Final Report file, Any order of columns is supported.  ​ The following fields should be present in the Final Report file, Any order of columns is supported.  ​
 +
 Column positions will be assumed based on the keywords:  ​ Column positions will be assumed based on the keywords:  ​
-   SNP_Name +  * SNP_Name ​  
-   ​Sample ID +  ​* ​Sample ID   
-   ​Allele2 - AB +  ​* ​Allele2 - AB   
-   ​Allele1 - AB+  ​* ​Allele1 - AB  
  
  
 Optional fields:  ​ Optional fields:  ​
-   GC Score+  * GC Score
  
 +Other fields will be ignored.
  
 ====Output files==== ====Output files====
readme.illumina2pregs.txt · Last modified: 2020/12/09 16:57 by ignacio