User Tools

Site Tools


readme.seekparentf90

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
readme.seekparentf90 [2019/05/29 12:58]
ignacio [Optional arguments]
readme.seekparentf90 [2021/11/18 20:14] (current)
ignacio [Example]
Line 12: Line 12:
    
   Program ''​SeekParentF90''​ detect parent-offspring incompatibilities based on   Program ''​SeekParentF90''​ detect parent-offspring incompatibilities based on
- ​counts of Mendelian conflicts, as described in: Hayes 2010 JAS+ ​counts of Mendelian conflicts, as described in: Hayes 2011 JDS
  and Wiggans et al 2010 JDS  and Wiggans et al 2010 JDS
  
Line 132: Line 132:
  
 If more than one chip is used then the number of SNP in common for two samples (base on both chips) will be used for check conflict and for discovering of parents. ​ If more than one chip is used then the number of SNP in common for two samples (base on both chips) will be used for check conflict and for discovering of parents. ​
 +
 +====Example====
 +Consider a genotype file with 4 samples and 3 chips with the following number of SNP:\\
 + Chip 1: 40 SNP\\
 + Chip 2: 14 SNP\\
 + Chip 3: 20 SNP\\
 + 
 +Genotype file
 +<​file>​
 + 1353 1  2110101100201201101101011011111121111121
 + 8014 1  2111010151110112022111011151111210111221
 + ​516 ​ 2  2110510120
 + ​181 ​ 3  11101111122011205502
 +</​file>​
 +
 +Map file
 +<​file>​
 +SNP_ID ​ Chr     ​pos ​    ​chip1 ​  ​chip2 ​  chip3
 +SNP_1   ​1 ​      ​135098 ​ 1       ​1 ​      1
 +SNP_2   ​1 ​      ​267940 ​ 2       ​0 ​      2
 +SNP_3   ​1 ​      ​305793 ​ 3       ​2 ​      3
 +SNP_4   ​1 ​      ​353745 ​ 4       ​0 ​      0
 +SNP_5   ​1 ​      ​393248 ​ 5       ​0 ​      4
 +SNP_6   ​1 ​      ​434180 ​ 6       ​0 ​      5
 +SNP_7   ​1 ​      ​471078 ​ 7       ​0 ​      0
 +SNP_8   ​1 ​      ​516404 ​ 8       ​3 ​      6
 +SNP_9   ​1 ​      ​533815 ​ 9       ​4 ​      0
 +SNP_10 ​ 1       ​571340 ​ 10      0       7
 +SNP_11 ​ 1       ​654413 ​ 11      0       8
 +SNP_12 ​ 1       ​845494 ​ 12      5       0
 +SNP_13 ​ 1       ​883895 ​ 13      6       9
 +SNP_14 ​ 1       ​905632 ​ 14      0       10
 +SNP_15 ​ 1       ​929617 ​ 15      0       0
 +SNP_16 ​ 2       ​353763 ​ 16      7       11
 +SNP_17 ​ 2       ​393266 ​ 17      0       0
 +SNP_18 ​ 2       ​434198 ​ 18      8       12
 +SNP_19 ​ 2       ​471096 ​ 19      0       13
 +SNP_20 ​ 2       ​516422 ​ 20      0       14
 +SNP_21 ​ 2       ​533833 ​ 21      0       0
 +SNP_22 ​ 2       ​571358 ​ 22      9       15
 +SNP_23 ​ 2       ​654431 ​ 23      0       0
 +SNP_24 ​ 2       ​845512 ​ 24      0       16
 +SNP_25 ​ 2       ​883913 ​ 25      0       0
 +SNP_26 ​ 2       ​905650 ​ 26      0       0
 +SNP_27 ​ 2       ​929635 ​ 27      0       17
 +SNP_28 ​ 2       ​353781 ​ 28      10      0
 +SNP_29 ​ 2       ​393284 ​ 29      0       0
 +SNP_30 ​ 2       ​434216 ​ 30      0       0
 +SNP_31 ​ 3       ​393253 ​ 31      0       18
 +SNP_32 ​ 3       ​434185 ​ 32      0       0
 +SNP_33 ​ 3       ​471083 ​ 33      11      0
 +SNP_34 ​ 3       ​516409 ​ 34      0       0
 +SNP_35 ​ 3       ​533820 ​ 35      12      19
 +SNP_36 ​ 3       ​571345 ​ 36      0       0
 +SNP_37 ​ 3       ​654418 ​ 37      13      0
 +SNP_38 ​ 3       ​845499 ​ 38      0       20
 +SNP_39 ​ 3       ​883900 ​ 39      0       0
 +SNP_40 ​ 3       ​905637 ​ 40      14      0
 +</​file>​
 +  ​
 +
 ====Other options==== ====Other options====
 <​file>​--only_in_common</​file>​ <​file>​--only_in_common</​file>​
Line 152: Line 213:
 <​file>​--chr_x <​n></​file>​ <​file>​--chr_x <​n></​file>​
 Indicate that the //n// chromosome ​ is the X chromosome and then SNP will be excluded from check of parent-progeny conflicts and parentage discovering Indicate that the //n// chromosome ​ is the X chromosome and then SNP will be excluded from check of parent-progeny conflicts and parentage discovering
-====Example==== 
-Consider a genotype file with 4 samples and 3 chips with the following number of SNP:\\ 
- Chip 1: 40 SNP\\ 
- Chip 2: 14 SNP\\ 
- Chip 3: 20 SNP\\ 
-  
-Genotype file 
-<​file>​ 
- 1353 1  2110101100201201101101011011111121111121 
- 8014 1  2111010151110112022111011151111210111221 
- ​516 ​ 2  2110510120 
- ​181 ​ 3  11101111122011205502 
-</​file>​ 
- 
-Map file 
-<​file>​ 
-SNP_ID Chr pos chip1 chip2 chip3 
-SNP_1 1 135098 1 1 1 
-SNP_2 1 267940 2 0 2 
-SNP_3 1 305793 3 2 3 
-SNP_4 1 353745 4 0 0 
-SNP_5 1 393248 5 0 4 
-SNP_6 1 434180 6 0 5 
-SNP_7 1 471078 7 0 0 
-SNP_8 1 516404 8 3 6 
-SNP_9 1 533815 9 4 0 
-SNP_10 1 571340 10 0 7 
-SNP_11 1 654413 11 0 8 
-SNP_12 1 845494 12 5 0 
-SNP_13 1 883895 13 6 9 
-SNP_14 1 905632 14 0 10 
-SNP_15 1 929617 15 0 0 
-SNP_16 2 353763 16 7 11 
-SNP_17 2 393266 17 0 0 
-SNP_18 2 434198 18 8 12 
-SNP_19 2 471096 19 0 13 
-SNP_20 2 516422 20 0 14 
-SNP_21 2 533833 21 0 0 
-SNP_22 2 571358 22 9 15 
-SNP_23 2 654431 23 0 0 
-SNP_24 2 845512 24 0 16 
-SNP_25 2 883913 25 0 0 
-SNP_26 2 905650 26 0 0 
-SNP_27 2 929635 27 0 17 
-SNP_28 2 353781 28 10 0 
-SNP_29 2 393284 29 0 0 
-SNP_30 2 434216 30 0 0 
-SNP_31 3 393253 31 0 18 
-SNP_32 3 434185 32 0 0 
-SNP_33 3 471083 33 11 0 
-SNP_34 3 516409 34 0 0 
-SNP_35 3 533820 35 12 19 
-SNP_36 3 571345 36 0 0 
-SNP_37 3 654418 37 13 0 
-SNP_38 3 845499 38 0 20 
-SNP_39 3 883900 39 0 0 
-SNP_40 3 905637 40 14 0 
-</​file>​ 
-  ​ 
    
 =====Output files===== =====Output files=====
readme.seekparentf90.1559134701.txt.gz ยท Last modified: 2019/05/29 12:58 by ignacio