BLUPF90

User Tools

Site Tools

Trace:
readme.seekparentf90

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
readme.seekparentf90 [2019/05/29 12:58] – [Optional arguments] ignacioreadme.seekparentf90 [2024/03/25 18:22] (current) – external edit 127.0.0.1
Line 12: Line 12:
    
   Program ''SeekParentF90'' detect parent-offspring incompatibilities based on   Program ''SeekParentF90'' detect parent-offspring incompatibilities based on
- counts of Mendelian conflicts, as described in: Hayes 2010 JAS+ counts of Mendelian conflicts, as described in: Hayes 2011 JDS
  and Wiggans et al 2010 JDS  and Wiggans et al 2010 JDS
  
Line 132: Line 132:
  
 If more than one chip is used then the number of SNP in common for two samples (base on both chips) will be used for check conflict and for discovering of parents.  If more than one chip is used then the number of SNP in common for two samples (base on both chips) will be used for check conflict and for discovering of parents. 
 +
 +====Example====
 +Consider a genotype file with 4 samples and 3 chips with the following number of SNP:\\
 + Chip 1: 40 SNP\\
 + Chip 2: 14 SNP\\
 + Chip 3: 20 SNP\\
 + 
 +Genotype file
 +<file>
 + 1353 1  2110101100201201101101011011111121111121
 + 8014 1  2111010151110112022111011151111210111221
 + 516  2  2110510120
 + 181  3  11101111122011205502
 +</file>
 +
 +Map file
 +<file>
 +SNP_ID  Chr     pos     chip1   chip2   chip3
 +SNP_1   1       135098  1       1       1
 +SNP_2   1       267940  2       0       2
 +SNP_3   1       305793  3       2       3
 +SNP_4   1       353745  4       0       0
 +SNP_5   1       393248  5       0       4
 +SNP_6   1       434180  6       0       5
 +SNP_7   1       471078  7       0       0
 +SNP_8   1       516404  8       3       6
 +SNP_9   1       533815  9       4       0
 +SNP_10  1       571340  10      0       7
 +SNP_11  1       654413  11      0       8
 +SNP_12  1       845494  12      5       0
 +SNP_13  1       883895  13      6       9
 +SNP_14  1       905632  14      0       10
 +SNP_15  1       929617  15      0       0
 +SNP_16  2       353763  16      7       11
 +SNP_17  2       393266  17      0       0
 +SNP_18  2       434198  18      8       12
 +SNP_19  2       471096  19      0       13
 +SNP_20  2       516422  20      0       14
 +SNP_21  2       533833  21      0       0
 +SNP_22  2       571358  22      9       15
 +SNP_23  2       654431  23      0       0
 +SNP_24  2       845512  24      0       16
 +SNP_25  2       883913  25      0       0
 +SNP_26  2       905650  26      0       0
 +SNP_27  2       929635  27      0       17
 +SNP_28  2       353781  28      10      0
 +SNP_29  2       393284  29      0       0
 +SNP_30  2       434216  30      0       0
 +SNP_31  3       393253  31      0       18
 +SNP_32  3       434185  32      0       0
 +SNP_33  3       471083  33      11      0
 +SNP_34  3       516409  34      0       0
 +SNP_35  3       533820  35      12      19
 +SNP_36  3       571345  36      0       0
 +SNP_37  3       654418  37      13      0
 +SNP_38  3       845499  38      0       20
 +SNP_39  3       883900  39      0       0
 +SNP_40  3       905637  40      14      0
 +</file>
 +  
 +
 ====Other options==== ====Other options====
 <file>--only_in_common</file> <file>--only_in_common</file>
Line 152: Line 213:
 <file>--chr_x <n></file> <file>--chr_x <n></file>
 Indicate that the //n// chromosome  is the X chromosome and then SNP will be excluded from check of parent-progeny conflicts and parentage discovering Indicate that the //n// chromosome  is the X chromosome and then SNP will be excluded from check of parent-progeny conflicts and parentage discovering
-====Example==== 
-Consider a genotype file with 4 samples and 3 chips with the following number of SNP:\\ 
- Chip 1: 40 SNP\\ 
- Chip 2: 14 SNP\\ 
- Chip 3: 20 SNP\\ 
-  
-Genotype file 
-<file> 
- 1353 1  2110101100201201101101011011111121111121 
- 8014 1  2111010151110112022111011151111210111221 
- 516  2  2110510120 
- 181  3  11101111122011205502 
-</file> 
- 
-Map file 
-<file> 
-SNP_ID Chr pos chip1 chip2 chip3 
-SNP_1 1 135098 1 1 1 
-SNP_2 1 267940 2 0 2 
-SNP_3 1 305793 3 2 3 
-SNP_4 1 353745 4 0 0 
-SNP_5 1 393248 5 0 4 
-SNP_6 1 434180 6 0 5 
-SNP_7 1 471078 7 0 0 
-SNP_8 1 516404 8 3 6 
-SNP_9 1 533815 9 4 0 
-SNP_10 1 571340 10 0 7 
-SNP_11 1 654413 11 0 8 
-SNP_12 1 845494 12 5 0 
-SNP_13 1 883895 13 6 9 
-SNP_14 1 905632 14 0 10 
-SNP_15 1 929617 15 0 0 
-SNP_16 2 353763 16 7 11 
-SNP_17 2 393266 17 0 0 
-SNP_18 2 434198 18 8 12 
-SNP_19 2 471096 19 0 13 
-SNP_20 2 516422 20 0 14 
-SNP_21 2 533833 21 0 0 
-SNP_22 2 571358 22 9 15 
-SNP_23 2 654431 23 0 0 
-SNP_24 2 845512 24 0 16 
-SNP_25 2 883913 25 0 0 
-SNP_26 2 905650 26 0 0 
-SNP_27 2 929635 27 0 17 
-SNP_28 2 353781 28 10 0 
-SNP_29 2 393284 29 0 0 
-SNP_30 2 434216 30 0 0 
-SNP_31 3 393253 31 0 18 
-SNP_32 3 434185 32 0 0 
-SNP_33 3 471083 33 11 0 
-SNP_34 3 516409 34 0 0 
-SNP_35 3 533820 35 12 19 
-SNP_36 3 571345 36 0 0 
-SNP_37 3 654418 37 13 0 
-SNP_38 3 845499 38 0 20 
-SNP_39 3 883900 39 0 0 
-SNP_40 3 905637 40 14 0 
-</file> 
-   
    
 =====Output files===== =====Output files=====
readme.seekparentf90.1559134701.txt.gz · Last modified: 2024/03/25 18:22 (external edit)
Donate Powered by PHP Valid HTML5 Valid CSS Driven by DokuWiki