User Tools

Site Tools


faq.renum_example

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Last revision Both sides next revision
faq.renum_example [2018/10/18 14:42]
shogo [Random regression model]
faq.renum_example [2018/10/18 15:50]
shogo [Random regression model]
Line 173: Line 173:
 EFFECT EFFECT
 7 cross alpha 7 cross alpha
 +EFFECT
 +2 cov
 +EFFECT
 +3 cov
 +EFFECT
 +4 cov
 +EFFECT
 +5 cov
 EFFECT EFFECT
 6 cross alpha 6 cross alpha
 RANDOM RANDOM
 animal animal
 +OPTIONAL
 +pe
 FILE FILE
 rrm.ped rrm.ped
Line 196: Line 206:
  9 0.77778 0.40741 0.00960 -0.29249 ​ 9 3 1 14  9 0.77778 0.40741 0.00960 -0.29249 ​ 9 3 1 14
  10 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ​ 10 3 1 15  10 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ​ 10 3 1 15
 +:
 +:
 +:
 +:
 +:
 +:
 </​file>​ </​file>​
 <​file>​ <​file>​
Line 212: Line 228:
 <​file>​ <​file>​
 renf90.par renf90.par
-# BLUPF90 parameter file created by RENUMF90 
 DATAFILE DATAFILE
  ​renf90.dat  ​renf90.dat
Line 218: Line 233:
            1            1
 NUMBER_OF_EFFECTS NUMBER_OF_EFFECTS
-           5+          13
 OBSERVATION(S) OBSERVATION(S)
     1     1
Line 225: Line 240:
 EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED] EFFECTS: POSITIONS_IN_DATAFILE NUMBER_OF_LEVELS TYPE_OF_EFFECT[EFFECT NESTED]
  ​6 ​        3 cross   ​6 ​        3 cross 
- ​2 ​        10 cov 7 + 7 1 cov  
- ​3 ​        10 cov 7 + 8 1 cov  
- ​4 ​        10 cov 7 + 9 1 cov  
- ​5 ​        10 cov 7+ 10 1 cov  
 + 2         10 cov 11 
 + ​3 ​        10 cov 11 
 + ​4 ​        10 cov 11 
 + ​5 ​        10 cov 11 
 + ​2 ​        10 cov 11 
 + ​3 ​        10 cov 11 
 + ​4 ​        10 cov 11 
 + ​5 ​        10 cov 11
 RANDOM_RESIDUAL VALUES RANDOM_RESIDUAL VALUES
        ​1.0000000        ​1.0000000
  ​RANDOM_GROUP  ​RANDOM_GROUP
-         ​    ​    ​5+         ​    ​    ​9
  ​RANDOM_TYPE  ​RANDOM_TYPE
  ​add_animal ​    ​add_animal ​  
  FILE  FILE
-renadd02.ped                                                ​+renadd06.ped                                                ​ 
 +(CO)VARIANCES 
 +       ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 
 +       ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000 ​      ​0.1000000 
 +       ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​1.0000000 
 + ​RANDOM_GROUP 
 +    10    11    12    13 
 + ​RANDOM_TYPE 
 + ​diagonal ​     
 + ​FILE 
 +                                                            ​
 (CO)VARIANCES (CO)VARIANCES
        ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000        ​1.0000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000 ​      ​0.1000000
faq.renum_example.txt · Last modified: 2018/10/18 15:51 by shogo